Com tudo não desanimou, se não podia ser doutor, seria um douto na matéria de sua particular predileção, cirurgia. Aprofundou seus estudos e fez grandes progressos na prática, e em 1836, conseguiu licença do Protomedicato do Recife, para exercer a cirurgia. Seus recursos aumentaram, suas vistas se alargaram, e o horizonte de suas legítimas aspirações, saíram dos limites estreitos da pequena Aracati. 

Mudou-se para a capital em 1839 e de Fortaleza para a corte, Rio de Janeiro, com o desejo de clinicar. Uma tentativa arrojada para a época, mas que teve feliz êxito. Fez importantes curas nos senadores Alencar e Calmon, depois Marques de Abrantes, seguiram-se outros personagens ilustres e com isso tornou-se conhecido. 

O cirurgião Mattos podia ter defendido tese e tirado diploma de doutor na Academia Nacional de Medicina, como tantos outros fizeram, mas preferiu continuar curando doentes. Se algum título emocionava o cirurgião Mattos, este era o de trabalhador. Foi por esta época que resolveu fabricar a suas pílulas de Mattos, que tanto renome lhe trouxe. 

Para fabricar suas pílulas o cirurgião Mattos sabia que tinha de voltar ao Ceará, cuja flora conhecia muito bem. Em 1840 estava de volta a Fortaleza, onde aceitou exercer o cargo de diretor da enfermaria de caridade. Em 1846 iniciou a fabricação das suas pílulas. A partir de então não houve quem não abençoasse as Pílulas de Mattos pelas suas curas maravilhosa. 

Eleito deputado provincial por três vezes entre 1848 e 1873. Membro da Sociedade Auxiliadora da Indústria e Presidente da Câmara Municipal de Quixeramobim. 

Apesar de seus esforços o cirurgião Mattos só deixou de herança a sua família a fórmula da pílula e honrada pobreza. Faleceu em Baturité a 4 de outubro de 1876 vítima de febre perniciosa. A vida continuou e o trabalho farmacêutico do cirurgião Mattos teve continuidade através de seu filho Joaquim D'Alencar Mattos. Em 1905 a Pharmácia e Drogaria Mattos, em Baturité produzia: Pílulas de Mattos, Peitoral Mattos de Jucá e Goma-angico, contra tosse, xarope de Urucú composto (poderoso antiasmático), Elixir de Velame, Caroba e Manacá, (grande depurativo do sangue e específico da sífilis), Elixir estomacal de Torém, Água Juvenil para o cabelo, Leite antifélico para a pele, PÓ e pasta dentifrícia de Ziziphus e Vitiver e Vinho de Jurubeba, simples e ferruginoso. É graças ao seu incansável trabalho e a fama das Pílulas de Mattos (em vidro) que o farmacêutico Joaquim D'Alencar Mattos recebe o seguinte convite do Ministro da Agricultura Rodolpho de Miranda: "Exposição Internacional de Turim - Roma, 1911 - Seção Brasileira - Rio de Janeiro, 01 de outubro de 1910. Sr. Farmacêutico Joaquim de Alencar Mattos. Tenho o prazer de comunicar-vos que, havendo sido o Brasil convidado pelo Governo Italiano a tomar parte na Exposição Internacional das Indústrias e do Trabalho, a realizar-se em Turim, nos meses de abril a outubro de 1911, resolveu o Governo Federal, atendendo a tão honroso convite, promover a representação do Brasil naquele certame, nomeando uma comissão encarregada de organizar a Seção Brasileira. 

Solicito o vosso concurso para maior brilho da Seção Brasileira, certo de que dessa forma vos proporciono o ensejo de obterdes uma alta recompensa e de concorrerdes ativamente para o patriótico fim que o Governo tem em vista: - a obra de propaganda e expansão econômica do Brasil". O farmacêutico Joaquim D'Alencar Mattos aceita o convite feito pelo ministro e tem seu trabalho premiado em 1911 na Exposição Internacional Agrícola e Industrial de Turim, Itália, com uma resina e depois em 1922 na Exposição Internacional do Rio de Janeiro. 

Bibliografia: Almanack Mattos- Ceará- fevereiro de 1906