Com a chegada dos portugueses, vários confrontos ocorreram, já que foi intensa a resistência estabelecida pelos indígenas. Muitos indígenas morreram nesses embates; alguns migraram para áreas ainda não conquistadas e outros foram submetidos como escravos. 

Além das guerras travadas entre portugueses e diferentes povos indígenas, outras estratégias garantiram a conquista aos europeus. Dentre elas, uma das principais foi a transmissão de doenças. As populações indígenas que habitavam o continente americano não tinham desenvolvido resistência contra determinadas bactérias e vírus. Os europeus, percebendo a vulnerabilidade dos nativos, criaram formas de transmitir diretamente a doença. Por exemplo, presenteando-os com roupas contaminadas. 

Outra importante estratégia de dominação portuguesa foi a miscigenação, ou seja, os portugueses se misturaram com os povos nativos por meio de casamentos. Os portugueses se aproximavam das comunidades indígenas, estabeleciam com elas relações de amizade e de trocas comerciais e, a partir daí, tentavam conquistar a confiança das lideranças. 

Quando conquistavam a amizade dos chefes nativos, os portugueses mostravam interesse em casar com as filhas dos líderes indígenas, chamados de “caciques” ou “principais”. Então, conseguiam respeito, confiança e posição de comando de dentro das próprias comunidades nativas. 

Hoje, oficialmente, em Aracati, não existem comunidades que se reconhecem como remanescentes dos povos indígenas. Mas isso não significa que sua presença tenha sido completamente apagada da sociedade aracatiense. 

A presença das diversas nações indígenas que moravam por todo o território do Ceará permanece. Por exemplo, no vocabulário, nos modos de morar, de comer, de trabalhar, de curar os doentes, de cantar e dançar, entre outros hábitos cotidianos, também está presente a herança indígena. Herança que se renova e se mantém viva, pois nas diversas culturas das pessoas que vivem no Ceará (seja no litoral ou no sertão, na capital ou no interior) é possível perceber que os costumes e as tradições indígenas foram repassados de pai para filho até os dias atuais. 

Em outros municípios do Ceará, existem várias comunidades que se reconhecem como remanescentes indígenas. Veja o mapa:

SILVA, Raulene Gonçalves Oliveira da; MARIZ, Silviana Fernandes. Construindo Aracati - 1 ed. - Fortaleza: Edições Demócrito Rocha/ Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional/ Brasil - Ministério da Cultura/ Governo do Estado do Ceará/ Banco do Nordeste, 2011. p. 37-40.