O Instituto São José, fundado em 19 de março de 1931 pelas Religiosas Ursulinas, que vieram para Aracati, a pedido de Dr. Eduardo Alves Dias, através do Arcebispo de Fortaleza Dom Manuel da Silva Gomes. Tinha como finalidade a educação e instrução primária da criança e juventude aracatiense, com atividades artísticas: pintura, piano, bordado a mão e iniciação ao Francês. Atendiam aos alunos externos e pensionistas. 

Começou suas atividades numa antiga residência doada pela sociedade aracatiense que foi adaptada e ampliada. 

Em consequência de uma seca prolongada na cidade, as Religiosas Ursulinas não resistiram às dificuldades e entregaram a Escola, que foi assumida pelas filhas da Caridade de São Vicente de Paulo, também por insistente solicitação de Dr. Eduardo Alves Dias ao Arcebispo de Fortaleza Dom Manuel da Silva Gomes. 

As Filhas da Caridade deram continuidade à educação iniciada pelas Ursulinas, criando depois o Patronato São José, para instruir e educar crianças e jovens pobres. Criaram ainda uma escola noturna para as domésticas e operárias da fábrica de tecidos Santa Tereza.  
Ampliaram o prédio e construíram a Capela de Nossa Senhora das Graças. 

Em 20 de setembro de 1943, o Curso Ginasial foi reconhecido definitivamente pela portaria N° 502. E em 1947, se deu também o reconhecimento definitivo do curso normal, tomando a denominação de Escola Normal e Ginásio São José. 

Em 1946, foi formada a primeira turma de Humanistas. E em 1949, dez jovens receberam o diploma do Curso Normal: Diana M. Lima, Francisca M. Marcelo, Gercina da Costa Nepomuceno, Margarida Maria A. Timbó, Maria da Costa Nepomuceno, Maria Gomes de Carvalho, Irismar R. dos Santos, Maria Leonia G. Viana, Maria Porto Silvério e Maria Tereza Pitombeira, constituindo a primeira turma a ser diplomada neste estabelecimento de ensino. 

Em 1959 comemorou-se os 25 anos da chegada das Filhas da Caridade em Aracati. Neste ano foi criado o curso profissionalizante no Patronato, para jovens carentes e ainda o curso de estudos adicionais ao terceiro pedagógico. 

Em 1975, houve nova reforma e a escola Normal e Ginásio São José retomou a sua denominação primitiva INSTITUTO SÃO JOSÉ, encampando as séries iniciais do Patronato, dando fim à separação. 

Passou a gozar do privilégio de Utilidade Pública Municipal, em 1975 e Estadual em 1977. 

Celebrou seu Jubileu de Ouro de fundação em 1981, e, em 1991 comemorou festivamente os 60 anos "Bodas de Diamante" com a participação de toda a comunidade aracatiense. 

Em 1992, foi reconhecida de Utilidade Pública Federal. 

Hoje, o Instituto São José, com 75 anos de serviço prestado à comunidade aracatiense, se orgulha de ter formado inúmeros e respeitados cidadãos, através de diversos cursos, desde Escola Normal, e hoje da Educação Infantil às atividades artísticas, esportivas, de formação ao Ensino Médio.